В інституті виконуються нучно-дослідні роботи з наступних напрямків:
- визначення закономірностей формування здоров'я школярів України, факторів середовища та спадкових факторів, що його визначають;
- розробка систем моніторингу визначення нейрогормональних та імунних механізмів забезпечення розвитку дитячого організму та формування патології пубертатного періоду;
- розробка нових методів профілактики, діагностики, прогнозу перебігу та лікування захворювань серцево-судинної, травної, ендокринної систем, сполучної тканини, психічних розладів у підлітковому віці;
- медико-психологічна реабілітація дітей та підлітків з найбільш тяжкою соматичною патологією та порушеннями психічного розвитку, профілактика інвалідності;
- наукове обґрунтування найбільш ефективних форм медичного забезпечення дітей та підлітків України, у тому числі із груп високого ризику.
