В институте выполняются нучно-исследовательские работы по следующим направлениям:
- определение закономерностей формирования здоровья школьников Украины, факторов среды и наследственных факторов, которые его предопределяют;
- разработка систем мониторинга определение нейрогормональних и иммунных механизмов обеспечения развития детского организма и формирование патологии пубертатного периода;
- разработка новых методов профилактики, диагностики, прогноза течения и лечения заболеваний сердечно-сосудистой, пищеварительной, эндокринной систем, соединительной ткани, психических расстройств в подростковом возрасте;
- медико-психологическая реабилитация детей и подростков с наиболее тяжелой соматической патологией и нарушениями психического развития, профилактика инвалидности;
- научное обоснование наиболее эффективных форм медицинского обеспечения детей и подростков Украины, в том числе из групп высокого риска.