Багато років (1986 - 2011 рр.) основним напрямком наукової діяльності відділення було вивчення механізмів формування здоров'я, нейрогуморальних та імунних взаємозв'язків на етапах статевого дозрівання у дітей, які постраждали в результаті аварії на Чорнобильській АЕС, лікування і реабілітація їх.
Розроблено рекомендації щодо медичного і психологічного супроводу дітей, народжених від опромінених батьків.
Наукові співробітники відділення вивчали питання кардіальних і суглобових проявів системної дисплазії сполучної тканини у дітей, патогенетичні аспекти артеріальної гіпертензії у підлітків, розробляли критерії ранньої діагностики хронічної серцевої недостатності при захворюваннях серця, проблеми діагностики та лікування вторинних кардіоміопатій при ендокринних захворюваннях.
Одним з основних напрямків досліджень відділення є вивчення особливостей перебігу функціональної, запальної і деструктивної гастродуоденальної патології в дитячому віці.
Розроблено діагностичний алгоритм і технологія медичного супроводу підлітків із захворюваннями органів травлення хелікобактерної етіології.
Тривають дослідження по уточненню механізмів формування моторно-евакуаторної порушень травного тракту у дітей.
Іншим напрямком наукових досліджень співробітників відділення є вивчення адаптаційних можливостей підлітків з різними захворюваннями серцево-судинної системи, з урахуванням морфофункціональних характеристик серця, станом стрес-забезпечують систем і різного рівня фізичної активності.